超凈工作臺和生物安全柜的主要區別是：
1，生物安全柜是一種在微生物學、生物醫學、基因重組、動物實驗、生物制品等領域的科研、教學、檢驗和生產中廣泛使用的安全設備，也是實驗室生物安全中一級防護屏障中基本的安全防護設備。 
2，生物安全柜是一種負壓的凈化工作臺，正確操作生物安全柜，能夠*保護工作人員、受試樣品并防止交叉污染的發生；而超凈工作臺只是保護操作對象而不保護工作人員和實驗室環境的潔凈工作臺。因此，在微生物學和生物醫學的科研、教學、檢驗和生產中，應該選擇和使用生物安全柜，而不能夠選擇和使用超凈工作臺。
3，超凈工作臺（LAMINAR FLOW CABINET） （Clean Benches） ，為了保護實驗材料而設計的，通過風機將空氣吸入預過濾器，經由靜壓箱進入高效過濾器過濾，將過濾后的空氣以垂直或水平氣流的狀態送出，使操作區域達到百級潔凈度，保證生產對環境潔凈度的要求。 只能保護樣品，不保護操作人員。 
4，從潔凈級別看，生物安全柜也比超凈工作臺。 
超凈工作臺的優點是操作方便自如，比較舒適，工作效率高，預備時間短，開機10分鐘以上即可操作，基本上可隨時使用。