傳統的菌落計數器使用時，是將計數筆連接到主機上，打開電源開關，將培養皿放在白光板上，打開白光燈，用計數筆觸動計數，LED顯示屏顯示所計數量；計數完成可用計數筆在稿紙上暫記總數，重新開關電源，LED顯示屏自動歸零，二次計數與稿紙上一次總數比較，數量相同可得較準確的結果。同時，按照細菌計數檢驗規程規定，一只培養皿中細菌生長數超過300個時，應將檢驗樣品稀釋重作，以保證計數的準確性，所以，一般的菌落計數器儀器顯示計為三位數。
多功能細胞計數器是由數字處理芯片、集成電路，以及顯示屏、按鍵組成，與各種顯微鏡配合使用，由微電腦進行自動分類計數的數字化產品，能對骨多功能細胞計數器髓細胞、外周細胞、小巨核細胞進行全面的分類計數并自動計算出各項指標，能對細胞化學染色后的積分進行計算，并兼有常用的四則運算。