制氮機可用于制藥工業的諸多加工環節中，從用于氮封高純度制藥原料到惰化吸塑包裝和疫苗瓶。在制藥環節中，為了避免氧化，需要減少氧氣的存在，這時候就需要用到制氮機。用氮氣氮封或惰化環境時，可以保持物質性質的穩定，否則與氧氣接觸會導致性質發生改變甚至產生毒性。氮氣是一種干燥的惰性氣體，當氧氣會加速氧化或影響產品質量時，氮氣就是替代氧氣的一個非常好的選擇。轉移高壓氮氣也用于幫助物質從一個容器安全轉移到另一個容器。這種的方法可以在不損害原有物質的同時有效加快轉送過程吹掃生產和分析儀器可用氮氣吹掃，以去除生產加工中的氧氣或水分，提高產品質量并降低進一步需要加工處理的可能氮封化學性質活潑的藥物成分和藥品必須合理儲存，以確保濕氣和氧氣不會影響產品品質，粉末不會結塊。用氮氣氮封可以提供一個惰化的環境，抑制空氣造成的污染，如濕氣滋生和細菌產生。氮氣可以從根本上防止能與氧氣發生反應的物質與氧氣接觸，并確保產品品質。
由于安全、方便、可靠同時也無需大量存儲，氮氣發生器也越來越廣泛地應用于制藥設備實驗室或醫院中，取代了高壓氣瓶。