分子蒸餾是一種分離工藝，是利用液相中輕重組份分子逸出液相主體時分子自由程的差來實現分離的。而要實現分子蒸餾的基本條件是：輕組份分子逸出的分子自由程等于加熱面與冷凝面的距離，能正確地達到內置冷凝器實現捕集；而重組份分子逸出的分子自由程要小于加熱面與冷凝面的距離，使其不會達到內置冷凝器，也是內置冷凝器只捕集輕組份的分子，而實現輕重組份的分離。
在進行分子蒸餾之前，要認真的檢查設備是否有損壞、接口是否吻合，注意拿的時候要輕拿輕放；要保持接口的清潔，可以用軟布擦拭，也可以真空脂涂膜都是不錯方式。設備的接口不能太緊，所以要保持松動性，否則會影響功能發揮。
開始工作時候要保持機械從低向高速運行，同時關機的話可以持機械停止了旋轉方可以。每次使用分子蒸餾設備后應該及時的進行清理，保持機械的清潔干凈，從而加強機械的工作性能發揮，所以定期對密封圈進行清潔是所需的保養措施，使用過程中要注意防潮防水性能，以免造成導電現象發生。
分子蒸餾裝置拆卸法蘭螺絲時應對角拆卸或緊固，而且按步驟執行，拆卸時，確認已經無液體時再卸下，以免液體噴出，并且注意管口下面不能有人。檢修蒸發器要將物料排放干凈，并用熱水清洗處理，再用冷水進行冒頂洗出處理。同時要檢查有關閥門是否能關死，否則加盲板，以免，檢修過程中物料竄出傷人。
分子蒸餾裝置設置多個測溫點，可判斷靈敏板位置，判斷塔操作是否穩定，學會操作要領；學習壓力和回流比的控制和調節，可在線檢測；對原料進行加熱觀察，可實現多種進料熱狀況進料。