分子蒸餾技術作為一種與同步的高新分離技術，具有其它分離技術*的優點:
1、操作溫度低(遠低于沸點)、真空度高(空載≤1Pa)、受熱時間短(以秒計)、分離效率高等，特別適宜于高沸點、熱敏性、易氧化物質的分離;
2、可有效地脫除低分子物質(脫臭)、重分子物質(脫色)及脫除混合物中雜質;
3、其分離過程為物理分離過程，可很好地保護被分離物質不被污染，特別是可保持天然提取物的原來品質;
4 、分離程度高，高于傳統蒸餾及普通的薄膜蒸發器。

分子蒸餾技術應用于中藥有效成分的提取在我國已有一定的應用，目前也主要用于傳統中藥中揮發油類和油脂類等低級性物質分離純化，有效促進我國傳統中藥制藥技術的發展。